明朝末年朝纲不振，内有奸宦当道，外有倭寇横行。为使百姓免遭涂炭之苦，大将戚继光和其堂弟、兵部侍郎戚继宇励精图治，联手组建戚家军，在抗击倭寇的战斗中捷报频传。倭寇首领大岛正雄不甘心自己的失败，施重金贿赂昏君的心腹、司礼大太监童大宝(于承惠 饰)。童大宝向昏君进谗言，以图谋造反的罪名欲将闻名天下的戚家军就地解散。刚正不阿的戚继宇获在儿子戚少正(吴京 饰)的协助下得到了童大宝暗通倭寇的证据。不料消息败露，童大宝抢先下毒手，不仅将戚继宇手中的证据销毁，而且以莫须有的罪名将戚家满门抄斩。并为斩草除根，悬重金追杀戚家惟一幸存的后人戚少正。走投无路的戚少正被北少林的主持方丈至一收为徒弟，取法号昙志。童大宝率锦衣卫赶来，以血洗少林相威胁要他们交出昙志。少林众僧宁死不屈，奋力抵抗。丧心病狂的童大宝下令火烧少林，至一禅师舍身护法，在熊熊烈火中成就大善。临终前，他命武僧“三脚”(淳于珊珊 饰)带着自己的血书，护送昙志投奔南少林的圆照方丈(徐向东 饰)。昙志和师兄踏上了去南少林学艺的征途。一路上昙志结识了一班性格各异的师兄弟，甚至还结识了寺院旁边一群年轻的小尼姑，更与女扮男装混入少林学艺的日本女孩华子结为好友，演出了一段梁山伯与祝英台的故事。昙志和一群志同道合的年轻人同门学艺、同仇敌忾，终于重建戚家军，将残暴的倭寇彻底消灭。而昙志也以自己的旷世武功，手刃了以童大宝为首的奸党，报了国恨家仇。但昙志爱情故事的结局呢？曾经先后和昙志产生过情感纠葛的小妮、红莲、白荷和华子纷纷赶来，这些不同性情却同样可爱的女子，哪一个才是他的真爱所归？伫立在于自己有再造之恩的少林寺中，面对千百年来的佛法清规，昙志陷入了难以选择的彷徨之中。
