大唐盛世, 麦包与母亲以做麦包为生。一日，麦包途径西湖，偶遇一场决斗。麦包被决斗吸引，目睹东瀛忍术始祖柳生以多欺少，将唐朝统领百万大军的都督大将军置于死地。将军临终前，嘱托麦包将一则口讯转述给他的女儿。麦包由此得知，逃犯杨广在扶桑东瀛带来了一班忍者，欲再度谋朝篡位！另一方面，杨广暗中招兵买马，同时收买全城书院，在课堂上灌输朝纲不正、唐朝大限将至的思想。麦包所在的学院也被殃及，麦包携一众同学与被杨广派来的肥校长与瘦老师斗智斗勇，以捍卫大唐的风骨。于是，堂课俨然成了孙吴兵斗、穆武行军的缩影。麦包妈得知将军临终嘱咐，教导麦包凡是应以国为先，立刻带着麦包前往将军府。来到将军府，两人得知将军府上有鬼魂作祟，将军小千金小菊因此事而一病不起。麦包母子调查后发现，鬼魂一事原是杨广在暗中作祟。杨广为夺能够号令百万雄师的军玺，以将军府为据点，潜伏在将军中。麦包母子一方面扮作捉鬼天师与假鬼斗智斗勇，另一方面悉心照顾小菊，帮助其战胜对鬼魂的恐惧。小菊在麦包母子的帮助下康复，同时也与麦包书院的同学结为伙伴。正在麦包等人要揭穿杨广阴谋时，谁料杨广先发制人，在将军府设下埋伏。麦包妈为掩护麦包和小菊，不幸被捕。麦包为打败杨广，救回母亲，与书院的伙伴一同训练身手。最终，麦包等人团结一心，打败了杨广和他的忍者军团，为大唐铲除了心腹大患。同时，也捍卫了大唐的尊严。
