《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。
神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。
重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。
两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……
光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。
同时，重楼一直想和飞蓬完成那场未打完的决斗，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳铸炼的魔剑。
景天结识了唐门小姐雪见，后重楼寻到景天，向他发起挑战，并将魔剑给予了景天，从此景天改变了自己的生活。
一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及霹雳堂的毒人事件之中，而后与蜀山大弟子长卿被蜀山派往天界天池销毁五位长老的邪念，但是由于长卿的一时心软，却给六界带来了一场劫难……
一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。
几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，长卿几世的离奇回忆，龙葵长久以来的心中愿望……伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。
